El 19 de julio de 2013, el arquero firmó su contrato en el Club Atlético Boca Juniors, donde se formó futbolísticamente en las divisiones inferiores. Debutó atajando contra Olimpo de Bahia Blanca en la derrota 3-0. Fue suplente en la mayoría de los partidos de la temporada debido a los buenos rendimientos de Agustín Orion.
El presente de Trípodi no es el mejor. Actualmente, sin club, se entrena con jugadores libres y en el Centro de Entrenamiento Cefa Arqueros . Las instalaciones son del complejo deportivo ABC Bernal, de la localidad de Quilmes.
Desde el 2009, hasta el 2013 jugó en Quilmes. En ese club logró 2 ascensos (En los años 2010 y 2012) y un descenso (2011). Emanuel Trípodi se destacó especialmente en el Torneo Final 2013 donde demostró grandes rendimientos que en gran parte le permitieron al cervecero permanecer en primera una temporada más.
A pesar de su buen rendimiento no es tenido en cuenta por su equipo y llega en calidad de libre al Club Atlético Boca Juniors en reemplazo de Oscar Ustari