Como director técnico, Marcelo Fuentes trabajó en Atlético Rafaela, Quilmes, Patronato de Paraná (junto a Alfaro), la CAI de Comodoro Rivadavia, Luján de Cuyo, Guillermo Brown, Villa MItre de Bahía Blanca y Sarmiento de Junín.
Su mejor campaña fue cuando en la Temporada 2011/2012 en la B Nacional terminó quinto con Patronato ganándole a todos los clubes que quedaron delante de este incluyendo a River Plate. Su último trabajo como técnico fue en Cucuta Deportivo, de la primera división del fútbol Colombiano.
Ahora, Fuentes vuelve nuevamente a la "Banda" de Puerto Madryn donde ya estuvo en el segundo semestre del año 2007 en el Torneo Argentino A, y por malos resultados lo echaron a principios de 2008. Había asumido a mediados de marzo y estuvo al frente del equipo durante 22 partidos.