Desde su creación durante el gobierno de Néstor Di Pierro, la Secretaría de Seguridad le ha provocado más de un dolor de cabeza a las autoridades municipales con episodios de diversa índole, incluyendo una muerte, por la cual fue juzgado y condenado uno de los tres detenidos el martes: Andrés Juvenal "Maga" Velázquez.
La Secretaría en cuestión comenzó a funcionar de hecho mucho antes de que el Concejo Deliberante le diera el aval por ordenanza. Su anterior responsable, Carlos Marsó, nunca se caracterizó por las formas, lo cual quedó expuesto cuando ingresó con su personal a un residencial para detener a un ciudadano dominicano que supuestamente comercializaba estupefacientes. Ello le valió una fuerte reprimenda de la juez federal, Eva Parcio, a Di Pierro, marcando un cortocircuito importante entre ambos. También Marsó fue el responsable de otro cruce con la Justicia, en este caso Penal. Fue cuando urgió a la juez Mariel Suárez para que le autorizara a ingresar a un local comercial en el que presuntamente había irregularidades. La demora de Suárez fue uno de los motivos esgrimidos por un integrante del Consejo de la Magistratura para solicitar su remoción, la cual fue otorgada en principio, aunque más tarde la jueza sería repuesta en su cargo.
El ex funcionario municipal promovió, además, un conflicto con Vialidad Nacional cuando sin su aval comenzó con la construcción de un edificio para instalar el Módulo Sur. Finalmente, tuvo que dar respuestas por un hecho de máxima gravedad: la muerte de Angel Isidro Domínguez.
En la madrugada del domingo 18 de mayo de 2014 el ciudadano domiciliado en la zona norte estaba peleando con un ex yerno en San Martín y 9 de Julio, cuando fue arrollado por un móvil de la Secretaría de Seguridad. Curiosamente el mismo era conducido por Andrés "Maga" Velázquez, el mismo que hoy aparece denunciado, junto a Antonio Zúñiga, por "incumplimiento de los deberes de funcionario público y cohecho (coimas)".
Zúñiga era el segundo de Marsó y quedó al frente del área cuando Carlos Linares asumió el gobierno municipal. Por entonces se produjo una rebelión interna y varios empleados que desconocieron a la nueva autoridad se quedaron sin trabajo, aunque se habrían llevado valiosa documentación que aportaron a la causa que explotó el lunes 4 de julio último, cuando se realizó el operativo en el departamento VIP que regenteaba la ciudadana paraguaya Guillermina Ferreira Almada, detenida en la ocasión junto a su pareja, Juan Carlos Cuellar Gamboa.
Posteriormente se establecería que tenían la protección del entonces jefe de la Seccional Primera de Policía, comisario Alejandro Pulley, actualmente en Trelew con medidas sustitutivas (solo puede desplazarse hasta Gaiman).
En esta causa también está involucrado el célebre estafador César Alejandro "Chatrán" Hernández, actualmente detenido.