Eduardo Duhalde fue designado en la Secretaría de Derechos Humanos por el ex presidente Néstor Kirchner al asumir en 2003 y ratificado por la presidenta Cristina Fernández de Kirchner en 2007 y en su segundo mandato, en 2011.
Además, se desempeñó como Juez de Cámara de los Tribunales Orales en lo Criminal de la Capital Federal hasta 2003. Se desempeñó como consultor de Derechos Humanos de las Naciones Unidas y profesor Consulto de la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de Buenos Aires. Fue profesor titular de materias de derecho, historia y política en diversas universidades argentinas y extranjeras. También era miembro de instituciones académicas argentinas y de América Latina y Europa, como de organismos de derechos humanos del país e internacionales.
En el plano internacional ha integrado diversas misiones de paz al África, y en América Latina a El Salvador, Chiapas (México), Nicaragua, Perú y Colombia, en sus zonas de conflicto.